Форум arduino.ua

Є альтернативи tone() на таймерах. Вони зазвичай для одного піна, але не має бути проблем зробити для двох, не думає, що будуть проблеми з продуктивістю.

https://github.com/wlindley/Arduino/tree/master/libraries/NewTone
https://github.com/daniel-centore/arduino-tone-library

Ну і плюс мабуть не викликати той новий tone на кожному кроці loop а тільки коли frequency змінюється.
Якщо підтвердите, що хоч одна з тих бібліотек для вас працює для одного піна - можу за донат на ЗСУ змінити ваш код і код у бібліотеці що працює.